Neutralna otopina lipopolisaharida može se čuvati na sobnoj temperaturi nekoliko mjeseci, a njena biološka aktivnost se značajno ne mijenja. Ako se čuva na 4 ℃ ili u hladnjaku s niskom temperaturom, njegova biološka aktivnost može ostati nepromijenjena nekoliko godina do desetljeća. Suhi lipopolisaharid neutralni prah može se čuvati na sobnoj temperaturi ili u hladnjaku desetljećima ili duže bez gubitka biološke aktivnosti.

Kada se lipopolisaharid stavi u kiselu otopinu na sobnoj temperaturi, njegove molekule prolaze djelomičnu razgradnju. Ova promjena uglavnom uključuje cijepanje glikozidnih veza između polisaharida i lipida A, te cijepanje veza lipida A1 i glukozida. Grijanje može pospješiti ovu reakciju. Otopina jake kiseline može potpuno uništiti lipopolisaharid pod uvjetima zagrijavanja.

Alkalni čimbenici imaju veliki utjecaj na molekule lipopolisaharida, uglavnom na molekule lipida A. U to vrijeme, 4-fosfat esterska veza na kosturu lipida A i esterska veza masne kiseline na pozicijama 3 i 3 lako se uništavaju, što može uzrokovati cijepanje molekule. U to vrijeme razgrađene molekule gube svoju tipičnu aktivnost endotoksina. Lipopolisaharidi mogu biti potpuno uništeni pod jakim alkalijskim uvjetima.