Tipični crijevni bakterijski lipid A je 1,4-difosfat-β 1,6 povezan glikozaminodisaharidi kao okosnica, i povezane 3-hidroksi masne kiseline ili 3-acil karboksilni ostaci s amidnim i esterskim vezama. Ova struktura nije zajednička svim gram-negativnim bakterijama. Posebno se gore navedene strukture ne susreću često u obiteljima koje su daleko od koliformnih bakterija, kao što je Bradyrhizobia.

U početku se struktura izvedenog lipida A smatrala "abnormalnim" tipom lipida A, a sada je preimenovana u varijantu lipida A. Na primjer, Thiobacillus, Rhizobiaceae, Nitrobacter, Brucella, Chromatim Party, Chlorobium N ad son, itd. Postoje očite promjene u strukturi skeleta LPS-a, te u njegovoj supstituciji. Varijanta lipida A ima prijelazni tip (ili transformirani) oblik, kod Rhodobacter sphaeroides samo je dio amidno povezane 3-hidroksi masne kiseline zamijenjen 3-oksimirističnom kiselinom. Kao lipid, A skeletni polisaharid, glikozamin pigmentiranih bakterija uvijek je praćen malom količinom 2,3-diamino-2,3-dideoksi-D-glukoze (DAG) veze.

DAG postoji samo u lipidnom A kosturnom šećeru. Derivat uronske kiseline 2,3-diamin-2,3-dideokheksoze je prijavljen kao bakterijski antigen (O lanac) različitih serotipova Pseudomonas aeruginosa.

3- oksimiristična kiselina: Prisutnost 3-oksimiristične kiseline je prvi put prijavljena u Listenella anguillarum i eritroidnim bakterijama. Sada se zapravo mogu promatrati sve vrste i sojevi grana α-3 gram-negativnih bakterija.

Endotoksin s najznačajnijim biološkim učinkom je heterogeni LPS, koji se često koristi kao standard za ispitivanje stanične reakcije i provođenje istraživanja terapijskog učinka. Njegov dio biološke aktivnosti lipida A sastoji se od β-1,6 koji se sastoji od D-glukozamin disaharida i šest zasićenih masnih kiselina i dva negativno nabijena fosfatna radikala. Promjene u rasporedu ovih struktura, kao što su smanjenje broja naboja, smanjenje masnih acilnih skupina, promjena distribucije masnih acilnih lanaca i stupanj zasićenosti masnim acilima mogu dovesti do pada njihove biološke aktivnosti. To pokazuje da će promjena primarne strukture endotoksina neizbježno utjecati na njegovo fizikalno-kemijsko djelovanje. Seydel i sur. potvrdio je da je stereostruktura LPS-a u endotoksinu usko povezana s njegovim biološkim učincima. Različite trodimenzionalne strukture mogu proizvesti različite učinke. Općenito govoreći, stožasta prostorna struktura često dovodi do aktivacijskog učinka stanica, dok je cilindrična prostorna struktura LPS-a često antagonist endotoksina koji inhibira aktivaciju stanica.