LBP (protein koji veže lipopolisaharid) je glikoprotein relativne molekularne težine 60 000. Njegova proteinska struktura je jednolančani polipeptid relativne molekularne težine 5 000. Podliježe reakciji glikozilacije u Golgijevom tijelu i izlučuje se u krv nakon zrelosti da postane glikoprotein. LBP nije otporan na toplinu i njegova je aktivnost obično stabilna na 50 ℃, a oko 50% njegove aktivnosti gubi se između 53 i 56 ℃. Kad se mišji serum ili mišji čisti LBP zagrije na 59 ℃, aktivnost se potpuno gubi. Ljudska plazma je osjetljiva na toplinu. Najčešća metoda inaktivacije komplementa (56 ℃, 30 min) može dovesti do 70% gubitka biološke aktivnosti LBP-a.

Trenutačno je razjašnjeno da je aminokiselinska sekvenca ljudskog LBP proteina zreli proteinski polipeptidni lanac sastavljen od peptida signalne sekvence s 25 aminokiselinskih ostataka i 452 aminokiselinska ostatka. Postoje četiri cisteina i pet veznih mjesta za glikozilaciju na polipeptidnom lancu, koji se nalaze na 275~277, 325~327, 330~332361~363, odnosno 369~371 mjestu polipeptidnog lanca. Struktura proteina LBP-a kunića vrlo je slična onoj kod ljudi. Također se sastoji od hidrofobnog polipeptidnog lanca koji se sastoji od 26 aminokiselinskih ostataka i proteinskog polipeptidnog lanca koji se sastoji od 456 aminokiselinskih ostataka. Njegova aminokiselinska sekvenca vrlo je homologna s onom kod ljudi, sa 69% iste aminokiselinske sekvence; Nukleotidna sekvenca je 78% konzistentna, ali sadrži samo 2 cisteina i 3 mjesta vezivanja za glikozilaciju, koja se nalaze na 275~277, 325~327, odnosno 361~363 mjesta. Kemijska prostorna konformacija LBP-a još uvijek je nejasna, što bi moglo biti slično BPI-ju (baktericidni/protein koji povećava propusnost).