Sinteza polisaharida jezgre počinje od lipida Ⅳ a. Nakon dodavanja KDO (jezgre oligosaharida) na C-6 'položaj nereducirajućeg glukozamina, postupno se dodaju heptoza i heksoza

1. Sinteza i adhezija KDO

Sinteza KDO uključuje tri kontinuirane reakcije: ① 5-fosfat D-riboza ↔ 5-fosfo-D-arabinoza. ② 5-fosfat - D-arabinoza fosfoenolpiruvat → 8-fosfat - KDO fosfat. ③ 8-fosfat - KDO alkanska kiselina. Ove tri reakcije su provedene uz katalizu 5-fosfo-D-nukleatne izomeraze, 8-fosfor-KDO sintetaze i 8-fosfataze. Dječji gen koji se nalazi na 27. minuti kromosoma kodira 8-fosfor-KDO sintetazu.

KDO stvara CMP-KDO aktivirani oblik pod katalizom CMP-KDO sintetaze. Enzim koji katalizira ovu reakciju kodiran je kds B genom koji se nalazi na 85. minuti kromosoma. CMP-KDO veže KDO na C-6 'lipida Ⅳ a pod katalizom proteina WaaA s dvostrukom ili tri funkcije, a zatim dodaje drugu molekulu KDO prvoj molekuli KDO.

2. Sinteza heptoznih i heksoznih regija

Heptoza se dodaje polisaharidnoj jezgri jedan po jedan u obliku ADP aktivacije, a heksoza u obliku UDP aktivacije. Glikoziltransferaze koje kataliziraju nukleotidne monosaharide pripadaju nizu membranski povezanih glikoziltransferaza, koje prenose šećerne skupine do zrelih molekula lipida A na citoplazmatskoj površini stanične membrane. Sintetizirana središnja molekula lipida A može se prenijeti s citoplazmatske površine stanične membrane na periplazmatsku površinu stanične membrane uz sudjelovanje ABC transportnog uređaja [ATP-vezna kazeta (ABC) transporter], i dovršiti reakciju povezivanja s polisaharidnim lancem O antigena na periplazmatskoj površini kako bi se stvorila kompletna molekula LPS. Osim toga, jezgra lipida A također se može koristiti kao receptor enterobakterijskog zajedničkog antigena (ECA) i polisaharidnog lanca kapsularnog K antigena skupine Escherichia coli.

Glikoziltransferaze ili modificirajući enzimi uključeni u sintezu jezgre polisaharida kodirani su klasom gena zvanih wa ※ ※, koji su smješteni na 81-82 minuti kromosoma, između cysE i pyrE gena, a ti su geni raspoređeni u tri operona . Za pet središnjih struktura bakterije Escherichia coli, sastav gena i genetska distribucija različitih središnjih sinteza su različiti.

Operaon waaA sadrži strukturni gen waaA koji kodira bifunkcionalnu ili trifunkcionalnu KDO transferazu i polipeptidni gen s nepoznatom funkcijom i relativnom molekularnom težinom od 18000. Produkti gena gmhD, waaF i waaC u operonu gmhD povezani su sa sintezom regije heptoze jezgre, dok je operon waaQ povezan sa sintezom vanjske regije heksoze i kemijskom modifikacijom regije jezgre. U Escherichia coli K-12, transkripcija operona gmhD regulirana je promotorom toplinskog šoka, a transkripcija operona pozitivno je regulirana netranslatiranom regijom uzvodno od operona i faktorom elongacije transkripcije RfaH.